טיפול השורש אינו טיפול להסרת שורש השן אלא טיפול לניקוי לשכת השן הנמצאת בתוך הכותרת, וניקוי תעלות השורשים מכל חומר אורגני, עצבים, כלי דם ולימפה.
בימינו, עם שיפור בטכניקת הטיפול ובחומרי ההרדמה, טיפול השורש אינו טיפול כואב. כאב אמנם עלול להופיע לאחר הטיפול ולאחר היעלמות השפעת חומר ההרדמה, אך לא חווים בדרך כלל כל כאב.
לביצוע טיפול השורש אין עוד צורך בפגישות רבות אצל רופא השיניים. בעזרת מיכשור חדשני וטכניקות טיפול מודרניות, טיפול השורש מבוצע בפגישה אחת או שתיים לכל היותר, אלא במקרים חריגים.
כאשר יש צורך בביצוע כתר על שן, טיפול השורש אינו מחוייב המציאות כפי שרבים חושבים. טיפול השורש מבוצע רק אם כותרת השן פגועה מסיבות שונות וקיימת פגיעה, או חשש לפגיעה, במוך השן.
לאחר טיפול שורש יש צורך, ברוב המקרים, להכתיר את השן בכדי למנוע ממנה להישבר, מאחר וטיפול השורש גורם להתייבשות השן, וכתוצאה מכך השן הופכת לפריכה מאוד ועלולה להיסדק ולהישבר.